2005년 5월, 조선과학기술총연맹 중앙위원회 부위원장 직함으로 20차 중앙과학기술축전 개막식과 폐막식에 참석했으며 2005년 10월, 당창건 60주년 기념 농업부문 전국 기술혁신경기총화회의에 보고자로 참석했다. 2006년 9월, 김일성종합대학 창립 60주년을 기념하여 전국 과학교육부문 과학토론회에 참석했고 2006년 10월, 21차 중앙과학기술축전에도 참여했다.
2007년 3월, 조선과학기술총연맹 대표단장으로 중국에 다녀왔으며 2007년 10월에 한번 더 다녀왔다. 2008년 8월, 박사학위를 받았다. 국가과학기술위원회 부위원장을 거쳐 2012년 8월,
리자방의 뒤를 이어 국가과학기술위원장에 임명되었다. 2014년 3월, 13기 최고인민회의 대의원에 선출되었으며 국가과학기술위원장에 유임되었다.
2015년 11월,
한광복의 뒤를 이어 과학교육부장에 임명되었는데 아마도 조용하게 중앙위원회 위원으로 보선되었을 가능성이 있다. 그리고 내각에서 당중앙위원회로 이동하였으나 국가과학기술위원장 자리를 이 시점에서
리충길에게 물려줬을 가능성도 있다. 2015년 11월,
리을설 장의위원, 2015년 12월,
김양건 장의위원을 지냈으며 2016년 5월, 7차 당대회에서 중앙위원회 위원에 선출, 과학교육부장에 유임되었다. 2016년 5월,
강석주 장의위원을 지냈다. 2016년 9월, 김일성종합대학 창립 70주년 기념 전국 대학생 발명전시회 개막식에 참석한 것을 마지막으로 한동안 공개석상에서 사라졌고 12월에
최동명이 신임 과학교육부장에 임명된 것이 확인되었다. 2017년 10월, 7기 2중전회에서 중앙위원회 위원에서 소환되었을 것으로 보인다.
2019년 4월 10일, 최고인민회의 상임위원회 부위원장으로 선출된
태형철의 뒤를 이어
김일성종합대학 총장에 임명되었으며 2019년 6월 29일, 김정은 국무위원장 추대 3주년 중앙보고대회에 참가했고 2019년 10월, 중국-조선친선의원단장 위원장에 임명되었다. 2019년 12월, 조선로동당 7기 5중전회에서 중앙위원회 위원으로 보선되었고, 당중앙위원회 부장 자격으로 2020년 말에 여러 행사에 다녔는데 이미
최동명의 후임으로 과학교육부장에 임명된 상태였던 것으로 보인다. 2020년 10월 10일, 조선로동당창건 75돐경축 열병식에 참석했다. 김일성종합대학 홈페이지의 역대 총장 단락에도 최상건은 2020년에 임기 만료로 나와 있다.
2021년 1월,
조선로동당 제8차대회에서 비서국 비서, 과학교육부장, 정치국 위원에 선출되었다. 이후 2021년 1월 17일, 최고인민회의 14기 4차 회의에도 참석하는 등 대의원에 보선된 것으로 보인다. 2021년 6월 4일,
조선로동당 제8기 제1차 정치국회의에 참석했다. 6월 29일,
조선로동당 제8기 제2차 정치국 확대회의에 참가했으나 이 회의에서 극심한 비판을 받고 비서국 비서, 과학교육부장, 정치국 위원에서 해임당했다. 이 회의에서는 김정은이 "비상방역 태만으로 국가안보에 중대사건이 발생했다"고 격노했으며,
조선중앙텔레비죤이 보도한 영상에 따르면 회의 시작 때는 주석단에 앉아 있었지만, 당 간부 해임 안건을 의결할 때 주석단에서 다른 해임당한 간부들과는 다르게 회의 도중에 그의 자리가 공석이 된 것을 보아 모든 직위에서 해임된걸로 보인다. 특히 회의 도중에 그의 자리가 공석이 된 것을 볼 때 중대한 잘못을 저질러 단순 해임이 아니라 체포됐을 가능성이 높아보였다. 2021년 7월 8일, 김일성 기일
금수산태양궁전 참배에
리병철과
박정천은 모습을 드러냈지만은 최상건은 아예 보이지도 않는걸 봐서 해임되고 체포된거로 추정되었으며 안찬일 박사 소식통은 그가 숙청당한 이후로 아내는 이혼하고 딸은 출가외인 인정을 받았으며 그는 아들과 함께 화성 수용소 이동중에 낭떠러지에 몸을 던져 자결했다고 했었으며 또한,
데일리NK에서는 최상건이 함경북도 정치범수용소로 끌려갔다는 보도를 냈었다.
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2021년 6월 29일, 정치국 확대회의를 하고 있을때 중간에 자리에서 없어진 이후에 동정보도나, 정치국 회의같은 주요 행사에도 안나왔다는걸 볼때나 그의 후임으로
태형철이 임명된거로 보이는걸로 봐선, 숙청이 확실하다. 2022년 4월, 김정은 집권 10주년을 기념하여 배포된 화보집에 모습이 실리는 등 중대한 처벌을 받은 건 아닐지도 모르는 정황이 있긴 하나 김정은 시대에는 이전에 비해서 처형당한 사람들 사진을 열심히 지우지 않는 눈치라서 이것만 보고 판단하기도 힘든 면이 있다.어쨌거나 교육 정책에 관련해서 그가 책임추궁을 당하고 회의장에서 없어진거 자체는 사실이지만 공식 매체에서 역적 취급을 안받고 있는걸로 봐선 정치범 수용소급의 처벌은 아니고 혁명화나 철직일 가능성이 높다.
그러다가 김일성종합대학 홈페이지 개편으로 역대총장이 업데이트되면서 리국철과 함께 역대총장으로 기록되었다. 이를 볼때 자살설, 수용소설은 신빙성이 없어졌다.