1. 선수단
1.1. 2006/07 UEFA 챔피언스리그 16강 2차전 발렌시아와의 난투극
#2006-07 시즌 UEFA 챔피언스리그 16강에서 인테르는 발렌시아와 상대해 1차전 홈에서 2-2 무승부, 2차전 원정경기 0-0 무승부로 원정 다득점 원칙에 따라 탈락했다. 그런데 경기가 끝나자마자 감정이 폭발하게 되었는데 인테르의 니콜라스 부르디소와 발렌시아의 카를로스 마르체나가 주먹질과 발길질을 하면서 싸우기 시작했다. 여기서 주변 동료들이 말려 사건은 종료되는듯 했지만 갑자기 발렌시아의 다비드 나바로가 부르디소의 코뼈를 가격해 골절되는 불쌍사가 발생했다. 이에 이반 코르도바와 마이콘이 나바로를 술래잡기하는 상황이 발생했고 즐라탄 이브라히모비치는 발렌시아의 키케 플로레스 감독과 언쟁을 벌였다.
사후 발렌시아와 인테르 양팀은 징계를 받았는데 양 팀 모두 15만 유로의 벌금을 부과받았고 발렌시아에서는 나바로와 마르체나가 각각 7경기, 6경기 출장 정지, 인테르에서는 부르디소와 마이콘이 6경기 출장 정지, 코르도바는 3경기, 크루즈는 2경기 출장 정지를 받았다.
2. 훌리건 문제
2.1. 2004/05 시즌 UEFA 챔피언스리그 8강 관중난동
2005년 4월 12일 UEFA 챔피언스 리그 8강 2차전 AC 밀란과의 밀라노 더비에서 1-0(합계 3-0)으로 끌려가던 후반 25분 에스테반 캄비아소가 코너킥 상황에서 동점골을 터뜨렸지만 훌리오 크루스가 골키퍼 지다에 대한 차징 파울로 득점 무효가 되었다. 이에 캄비아소가 마르쿠스 메르크 주심에게 강하게 어필하는 사이 사고가 발생했는데 흥분한 인테르 홈 관중들이 그라운드에 물병과 30여개의 폭죽을 던져 골키퍼 지다가 어깨에 폭죽을 맞아 실려나가 치료받는 불쌍사가 발생했다. 경기는 25분간 중단되었다가 재개되었는데 관중들이 계속 우산 등을 집어던지자 심판진은 경기운영이 더 이상 불가능하다고 판단해 경기를 서둘러 종료시켰다. 결국 3-0 몰수패를 당하며 8강에서 탈락한 것은 물론이고 UEFA로부터 챔피언스리그 홈 6경기 무관중 조치와 벌금 30만 스위스 프랑(2억 5천만원)의 중징계를 받았다.