글로벌 코텍스의 신참 오퍼레이터인 에마 시어즈와 페어를 이루고 활동하는 신인 레이븐. 그냥 저냥 특별할 것 없는 보통의 레이븐이었지만 AI 연구소의 화재 진압 의뢰를 수행하던 도중, 정체불명의 대형 AC의 공격을 받는다. 각지에 동시 다발적으로 나타난 대형 AC를 플레이어 이외에도 여러 레이븐이 마주했으나 그것을 격파하고 무사히 귀환한 것은 플레이어 단 한 사람뿐.[1] 이후로 AI 연구소 소속의 여성 연구원 세레 크로왈에게 감사의 메일을 받고 그 이후에도 안부를 전하는 메일이 전해져 온다.
지상 개발의 주도권과 사일런트 라인을 둘러싼 기업간의 분쟁이 확대되어 가는 동안, 주인공은 여러 의뢰를 수행해나가는데 여전히 소속을 알 수 없는 그 대형 AC의 습격, 그리고 AI를 채용한 무인 병기의 이상 폭주 현상과 몇 번이고 마주하게 된다.
먼저 사일런트 라인을 넘어서길 원했던 미라쥬의 위성캐논 확보를 기점으로, 기업들은 운용하던 모든 AI 병기들의 제어권을 잃고 폭주한 AI들에 의해 치명적인 피해를 입는다. 사실상 전력을 상실한 기업들에게서 권한을 위임받은 글로벌 코텍스는 유력한 레이븐들을 총동원한 작전을 통해 위성캐논의 재제압, 기업의 손에서 벗어난 무인병기들로 이루어진 사일런트 라인 방어선 돌파 등의 격전를 치르고, 그 끝에 플레이어는 사일런트 라인 너머의 레이어드에 직접 돌입하는 의뢰를 수행하게 된다.
대형 AC의 습격, 여러번의 AI 병기 폭주 사태 속에서도 살아남은 플레이어를 상리를 뛰어넘은 이레귤러로 판정한 또 다른 레이어드의 관리자는, 인류가 사일런트 라인 너머의 기술을 손에 넣고 지상에서 살아나갈 수 있을 것인가의 시험을 플레이어에게 맡긴다. 관리자가 움직인 AC형 병기를 격파한 플레이어에게 관리자는 스스로 모든 시스템을 정지시키며 "여기까지가 나의 역할. 레이븐, 앞으로는 당신의 역할"이라는 말을 남긴다.
[1]
실패하면 의뢰 실패 처리가 아니라 아예 게임 오버가 되는 사망 미션이다.