한국건강증진센터는 대한보건교육사협회 부설 기관이다. 대한보건교육사협회는 보건의료인인 보건교육사의 법정단체로서 보건복지부 장관의 면허를 받은 보건의료인력지원법과 국민건강증진법의 규정의 적용을 받는다.
보건교육사는 국민건강증진법 제12조의 규정에 따라 보건복지부 장관이 주관하고 한국보건의료인국가시험원(국시원)에서 시행하는 국가시험을 합격하여야하고 그 직무는 국민건강증진법 시행령 제17조에 규정되어있다.
대한보건교육사협회는 보건교육사가 국민건강증진법 시행령 제17조의 규정에 따른 보건교육사의 직무를 원활하게 수행하기 위해서 산하에 한국보건원과 한국건강증진센터를 설치하고 운영한다.