유희왕 듀얼몬스터즈/듀얼리스트 킹덤 편

어느 날, 무토우 유우기 앞으로 한 편의 비디오 레터가 도착한다. 그 비디오의 발신인은 듀얼몬스터즈의 창시자 페가수스 J. 크로포드. 페가수스는 비디오 레터 속의 자신과의 듀얼이라는 기묘한 승부를 제안하고, 이 듀얼이 어둠의 게임임을 간파한 어둠의 유우기가 나서지만, 페가수스의 마인드 스캔 앞에 패하고 만다. 페가수스는 벌칙으로 무토우 스고로쿠의 영혼을 빼앗아갔고, 그를 되찾고 싶으면 듀얼리스트 킹덤으로 오라는 말을 남긴다.

며칠 후, 유우기 앞으로 왕국으로의 초대장이 도착한다. 그리고 죠노우치 카츠야는 또 다른 비디오 레터를 통해 여동생 카와이 시즈카가 곧 실명할 것이라는 사실을 알게 된다. 죠노우치의 사정을 알게 된 유우기는 죠노우치에게 자신의 스타 칩을 나눠주어 듀얼리스트 킹덤에 함께 참가하기로 한다.

서로의 소중한 사람을 구하기 위해 듀얼리스트 킹덤에 도전하는 유우기와 죠노우치는 강적들을 차례차례로 물리쳐간다. 하지만, 이 대회는 카이바 코퍼레이션을 차지하려는 페가수스의 음모가 숨어있었다. 이윽고 일전 유우기에 패했다 다시 일어선 카이바 세토도 왕국에 나타난다.