암호에 숨은 호텔 연쇄 폭탄범

코난은 란의 권유로 간 하베토쵸의 서점에서 세라 마스미와 만난다. 세라는 연달아 일어나고 있는 호텔 폭파 사건에서 사용된 암호를 입수했기 때문에, 숙박하고 있는 잔토 호텔에 오지 않겠느냐고 코난을 부른다. 거기에는 코난의 해독제가 목적인 메리도 숨어 있었다. 세라가 입수한 암호는 히라가나가 한 줄로 늘어선 것이었다. 코난과 세라가 방에서 이야기하고 있으면, 옆방 2114호실에 숙박하고 있는 소설가 하야시자키 단지와 호텔 청소부 논다 모리코의 말다툼이 들려온다. 이야기를 듣자 하야시자키의 방에서 새로운 암호문이 발견되었다고 한다. 암호를 보면 세라가 입수한 것과 마찬가지로 히라가나가 1열로 늘어서 있었다. 소란이 잦아들자 코난과 세라는 벨보이 모이시 유토와 함께 호텔 프런트로 향한다. 프론트에 도착하자 폭탄범으로부터 예고 전화가 걸려와 오늘 17시에 전화할 테니 암호의 답을 알려주라고 한다. 실은 프런트에도 암호가 도착하고 있었던 것이다. 어떻게든 암호를 보고 싶은 코난들 앞에 호텔 고문 변호사를 맡고 있는 에리가 나타난다. 에리의 협조로 프런트에 도착한 암호를 입수한 코난들은 폭탄이 설치된 방의 특정과 폭탄범을 밝혀내기 위해 암호 해독에 나선다!