일반적으로 단계통군(Monophyletic Group)이 가장 바람직한 분류군으로 여겨진다. 하나의 공통 조상을 가진 생물군을 모두 포함하는 분류군을 단계통군이라고 부른다. 체계적으로 분류된 분류군은 거의 대부분 단계통군이다. 예컨대
포유류나
조류가 단계통군의 예가 된다.
측계통군(Paraphyletic Group)은 하나의 공통 조상을 가진 생물군들로 이루어졌지만 그 공통 조상 아래의 생물군을 모두 포함하지는 않는, 빠진 조각이 있는 분류군이다. 예컨대
파충류로 분류되는 동물들은 모두
석형류에 속하지만, 석형류에 속하는 동물 중에는
파충류에 속하지 않는 분류군이 존재하기 때문에
파충류는 측계통군에 해당한다. 측계통군도 때로는 분류 체계로서 인정되기도 하지만,
파충류와 조류를 아우르는 새로운 단계통군인
석형류가 제안된 것에서 볼 수 있듯이 되도록이면 단계통군으로 재정리될 것이 권장된다.
현재도 대표적으로 쓰이는 측계통군은
어류가 있다. 어류의 생물학적 정의는 사지상강을[1] 제외한
척추동물아문 생물들을 의미한다.
그리고 일상에서 인간을 제외한 척추동물을 통칭할 때 쓰이는 "
동물"도 역시 측계통군에 해당한다.
다계통군(Polyphyletic Group)은 아예 공통조상으로 묶이지 않는 생물들이 모인 분류군이다.
정온동물은
포유류와
조류를 포함하고
파충류를 제외하는 분류군으로서[2] 다계통군의 대표적 예시로 거론된다. 다계통군은 인위적인 군이므로 폐지하고 단계통군으로 정리하는 것이 원칙이지만, 어떤 분류군이 다계통군이라는 건 그 분류군의 공통조상이 없다는 걸 알았음만으로도 충분하기 때문에 쉽게 폐지되지 않기도 한다. 예를 들면
원생생물은 폐지하고 여러 단계통군들로 재조정이 됐으나 여전히 논란이 많고,
양서류는 아직도 정리가 되지 않았다.